Bereits im Jahr 1886 erfolgte mit dem Bau der jetzigen Filiale in der Oberfrohnaer Straße in Chemnitz die Gründung der Bäckerei durch Ernst Kirchhof aus Kändler. Es folgten erfolgreiche Jahre der Expansion, u.a. durch mehrere sowie diverse Um- und Anbauten. 1977 legt Gunter Schäfer die Meisterprüfung ab und das Ehepaar übernimmt die ehemaligen Bäckerei Priemer in Karl-Marx-Stadt.
Mit der Meisterprüfung von Sohn Dirk Schäfer 2001 beginnt die Phase der Filialisierung, 2009 sind es bereits neun Filialen und 48 Mitarbeiter, 2013 zählt man 20 Filialen und über 120 Mitarbeiter. 2020 ist Schäfer´s Backstube das älteste ortsansässige Unternehmen in Chemnitz-Rabenstein. Im nächsten Jahr erfolgt der Umzug in eine neue Produktion mit Café an die Kalkstraße.